Para el torneo finalización de 2013, Atlético Nacional logró su segundo bicampeonato, terminó primero en la fase de todos contra todos con 37 puntos. En el torneo apertura de 2013, Nacional terminó segundo en la fase de todos contra todos con 32 puntos, en los cuadrangulares superó a Itagüí, Deportes Tolima y Deportivo Pasto. En el apertura 2014, Atlético Nacional logró ser el primer equipo colombiano en obtener el tricampeonato en torneos cortos, con una excelente actuación, nuevamente terminó primero en la fase todos contra todos con 34 puntos. Al final de la fase de todos contra todos, Nacional terminó primero y enfrentó a Jaguares en los octavos de final, al cual derrotó 6-3 en el global. En el finalización, Nacional terminó tercero en la fase de todos contra todos; el los cuartos de final, enfrentó al Deportes Tolima y fue eliminado al empatar 2-2 en el global y caer 3-1 desde el punto penal.

El 21 de junio fue presentado Juan Manuel Lillo como nuevo técnico de Nacional. El partido de ida terminó a favor 2-1 con goles de Ezequiel Rescaldani y Juan Pablo Nieto, el juego de vuelta, en Barranquilla quedó 0-1 a favor con gol de Andrés Felipe Ibargüen. 2019 renuncia, Juan Pajuelo comandó los dos últimos partidos del torneo apertura 2019 y en junio Ángel Comizzo asume el cargo de director técnico. Para el Torneo Apertura 2010, el equipo se desplazó a Argentina para la pretemporada. El rival fue Chapecoense, equipo con el que por fin se pudo enfrentar en la cancha. Porque le han dado mucho bombo al ser el primer chaval que hace debutar el portugués. En los octavos de final tuvo que enfrentarse con el peor segundo del torneo, que resultó ser C. A. Huracán. Gokū to Vegeta en diciembre de 1999 como Dragon Ball Z 3: Guerra en los dos mundos (se emitieron unidas una atrás de la otra, con una voz en off que comentaba una relación inventada entre ambas).

En mayo se da la salida del técnico Ramón Cabrero por malos resultados y por diferencias con la hinchada, por lo que se dejó como técnico interino a José Fernando Santa, encargado de las divisiones menores. Es por eso que tenemos que tener mucho cuidado comprando nuestras mercancías ya que se pueden acabar en cualquier instante en que nos descuidemos. Eso permitirá, en los años siguientes, un crecimiento de más de 20.000 socios del club. Estiven Vélez, quien fue transferido al Ulsan Hyundai de Corea del Sur. En 1910 pudieron participar por primera vez en la ronda final del campeonato del Sur de Alemania («Süddeutschen»). Nacional se enfrentó a Deportivo Cali en los cuartos de final del torneo con derrota 1-0 en Palmira y victoria 2-1 jugando de local en Cúcuta, ganando finalmente por 4-1 en los tiros desde el punto penal. En el año 2013, Atlético Nacional se convirtió en el primer Bicampeón de la Copa Colombia, después de haber ganado la final frente a Millonarios.

Atlético Nacional disputó su tercera final de Copa Libertadores contra el equipo revelación del torneo, Independiente del Valle de Ecuador, que llegaba de eliminar a River Plate, Pumas UNAM y Boca Juniors. Atlético Nacional logró su estrella número 14 y el primer tricampeonato en su historia al ganarle a Junior 4-2 en Tiros desde el punto penal. La serie terminó 5-3 a favor y Atlético Nacional levantó su séptimo título internacional. Santa Fe fue el rival de las semifinales, el partido de ida quedó igualado 1-1 y el juego de vuelta lo ganó Nacional por 4-1, clasificando a la final del torneo contra el Junior de Barranquilla. En la copa el club terminó eliminado en Cuartos de final contra Patriotas; la eliminación causó molestia en la hincha por haber sido superado por un club chico. Al haber clasificado a la Libertadores, inició desde los octavos de final, aunque tuvo que cerrar todas las llaves de visitante.

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A diferencia de pasados torneos, se jugaron eliminatorias directas con partidos de ida y vuelta desde cuartos de final, semifinal y la gran final. El inicio del 2015 no fue el más esperado, Atlético Nacional volvió a perder la final de la Superliga, esta vez contra Independiente Santa Fe. La serie fue iniciada en Brasil, cabe destacar que el plantel de Nacional fue recibido allí como héroe por su solidaridad mostrada al equipo brasileño luego de su incidente. El 11 de diciembre se jugó en el Estadio Pascual Guerrero el partido de ida, terminando 0-0, dejando la llave abierta igual que la final contra Independiente Santa Fe, a diferencia que el partido de vuelta sería en casa. En los cuartos de final el rival fue el club brasileño Coritiba, el partido de ida, jugado en Brasil, terminó 1-1 y la vuelta 3-1 con triplete del goleador Miguel Borja. Miguel Ángel Angulo, hasta ese momento entrenador del Juvenil A, como su segundo entrenador.