En 2001, el Unión regresó al cuadrangular final de la Primera B, pero apenas pudo superar en la tabla al Bogotá Chicó, ya que el Deportivo Rionegro y el campeón Deportes Quindío lo superaron en la tabla definitiva. A pesar de superar en la tabla final al Expreso Palmira y al Deportivo Rionegro, el Deportivo Pereira ganó el campeonato con 15 puntos, cinco más que el Unión, que debió quedarse un año más en la «B».